Komendą Miejską Policji w Nowym Sączu kieruje Komendant Miejski Policji przy pomocy zastępców Komendanta, kierowników komórek i jednostek organizacyjnych oraz bezpośrednio podległych mu policjantów i pracowników.
Komendant Miejski Policji w Nowym Sączu określa zadania i kompetencje I Zastępcy Komendanta Miejskiego Policji oraz Zastępcy Komendanta Miejskiego Policji, kierowników komórek i jednostek organizacyjnych Komendy Miejskiej Policji w Nowym Sączu oraz bezpośrednio podległych mu policjantów i pracowników.
Komendanta Miejskiego Policji w Nowym Sączu podczas jego nieobecności zastępuje upoważniony I Zastępca Komendanta Miejskiego Policji, a w razie jego nieobecności Zastępca Komendanta Miejskiego Policji.
Komendant Miejski Policji w Nowym Sączu nadzoruje następujące komórki i jednostki organizacyjne:
- Zespół Kontroli, Skarg i Wniosków oraz Dyscyplinarny
- Zespół do spraw Komunikacji Społecznej,
- Zespół Finansów,
- Wydział Administracyjno-Gospodarczy,
- Wydział Wspomagający,
- Zespół Bezpieczeństwa Informacji,
- Zespół ds. Bezpieczeństwa i Higieny Służby i Pracy, Ochrony Przeciwpożarowej i Medycyny Pracy
Ponadto nadzoruje kierownictwo jednostek organizacyjnych Policji; Komisariatu Policji w Nawojowej, Komisariatu Policji Grybowie, Komisariatu Policji w Krynicy-Zdroju, Komisariatu Policji w Łososinie Dolnej, Komisariatu Policji w Muszynie, Komisariatu Policji w Piwnicznej-Zdroju, Komisariatu Policji w Starym Sączu.
I Zastępca Komendanta Miejskiego Policji w Nowym Sączu (właściwy dla służby prewencyjnej) nadzoruje następujące komórki i jednostki organizacyjne:
- Wydział Prewencji,
- Wydział Sztab Policji,
- Wydział Ruchu Drogowego,
- Komisariat Policji w Nawojowej, Komisariat Policji Grybowie, Komisariat Policji w Krynicy-Zdroju, Komisariat Policji w Łososinie Dolnej, Komisariat Policji w Muszynie, Komisariat Policji w Piwnicznej-Zdroju, Komisariat Policji w Starym Sączu – w zakresie pracy pionu prewencyjnego.
Zastępca Komendanta Miejskiego Policji w Nowym Sączu (właściwy dla służby kryminalnej) nadzoruje następujące komórki i jednostki organizacyjne:
- Wydział Kryminalny,
- Wydział do walki z Przestępczością Przeciwko Mieniu,
- Wydział do walki z Przestępczością Gospodarczą,
- Zespół do walki z Korupcją,
- Komisariat Policji w Nawojowej, Komisariat Policji Grybowie, Komisariat Policji w Krynicy-Zdroju, Komisariat Policji w Łososinie Dolnej, Komisariat Policji w Muszynie, Komisariat Policji w Piwnicznej-Zdroju, Komisariat Policji w Starym Sączu – w zakresie pracy pionu kryminalnego.